Durch die pulsierende Magnetfeldtherapie  findet eine Anregung der Nervenzellen statt. Dies führt bei neurologischen Erkrankungen zu einer schnelleren Regeneration. Die ebenfalls erhöhte Sauerstoffnutzung wirkt sich ebenfalls positiv auf die Zellen aus.

So erklärt sich vermutlich die kurzfristige Verbesserung bei Alzheimer-Betroffenen(bei Menschen), bei denen nach einer Magnetfeldbehandlung eine Verbesserung des visuellen Gedächtnisses, der Zeichenfähigkeit und Steigerungen im kognitiven und psycho-sozialen Bereichs beobachtet wurde

Eine weitere Einsatzmöglichkeit ist die Multiple Sklerose. Hier kann die pulsierende Magnetfeldtherapie zu einer Verbesserung der typischen Symptomatik beitragen. Bei längerfristiger Anwendung zeigten sich ebenfalls Verbessungen im Krankheitsverlauf wie z. B. eine Normalisierung der Blasenfunktion oder eine Abmilderung der Lähmungserscheinungen. Auch die Erschöpfungssymptomatik verbesserte sich.

Die pulsierende Magnetfeldtherapie kann auch bei Querschnittslähmungen sinnvoll angewandt werden. Hier sind neben einer verbesserten Blasenfunktion auch die Vorbeugung von Dekubitusgeschwüren (vgl. Pulsierende Magnetfeldtherapie in der Dermatologie) und der verbesserte Schlaf von Bedeutung.

Eine über 90 prozentige Erfolgsrate weist die pulsierende Magnetfeldtherapie bei der Behandlung von funktionellen Störungen mit vegetativem Hintergrund auf. Hier ist aber die Betreuung zur den Arzt ebenfalls ein wichtiger Aspekt. Eine Kombination von Psychotherapie und pulsierende Magnetfeldtherapie hat sich besonders in komplexen Fällen bewährt.